Εάν οι πίνακες στη βάση είναι σε μορφή InnoDB (δεν ισχύει για MyISAM) και σβηστούν δεδομένα, τότε ο χώρος αυτός δεν ελευθερώνεται άμεσα αλλά παραμένει δεσμευμένος για μελλοντική χρήση. Για παράδειγμα εάν η βάση σας αποτελείτε από ένα πίνακα μεγέθους 100MB και σβήσετε δεδομένα μεγέθους 20MB τότε το μέγεθος που καταλαμβάνειη βάση θα συνεχίσει να είναι 100MB. Σε περίπτωση που γράψετε νέα δεδομένα μεγέθους 20MB τότε θα γίνει ξανά χρήση του δεσμευμένου χώρου.

Στο cretapanel ο υπολογισμός του χώρου της βάσης γίνεται με βάση το πραγματικό μέγεθος των αρχείων που καταλαμβάνουν αυτές στον server, ενώ το phpmyadmin εμφανίζει τον χώρο που χρησιμοποιεί η βάση για τα δεδομένα χωρίς να υπολογίζει τον δεσμευμένο χώρο και έτσι προκύπτει αυτή η διαφορά.

Κάθε μερικές ημέρες κάνουμε optimize τις βάσεις (τις κάνει παράλληλα και να δουλεύουν πιο γρήγορα). Με το optimize ελευθερώνεται ο δεσμευμένος χώρος και έτσι το cretapanel και το phpmyadmin θα εμφανίζουν περίπου το ίδιο μέγεθος για τις βάσεις. Επίσης υπάρχει η δυνατότητα για optimize μιας βάσης και μέσω του phpmyadmin.