Εάν οι πίνακες στη βάση είναι σε μορφή InnoDB (δεν ισχύει για MyISAM) και σβηστούν δεδομένα, τότε ο χώρος αυτός δεν ελευθερώνεται άμεσα αλλά παραμένει δεσμευμένος για μελλοντική χρήση. Για παράδειγμα, εάν η βάση σας αποτελείται από ένα πίνακα μεγέθους 100MB και σβήσετε δεδομένα μεγέθους 20MB τότε το μέγεθος που καταλαμβάνει η βάση θα συνεχίσει να είναι 100MB. Όμως εάν περάσετε νέα δεδομένα μεγέθους 20MB τότε θα γίνει ξανά χρήση του δεσμευμένου χώρου.

Στο cretapanel ο υπολογισμός του χώρου της βάσης γίνεται με βάση το πραγματικό μέγεθος των αρχείων που καταλαμβάνουν αυτές στον server, ενώ το phpmyadmin εμφανίζει τον χώρο που χρησιμοποιεί η βάση για τα δεδομένα χωρίς να υπολογίζει τον δεσμευμένο χώρο και έτσι προκύπτει αυτή η διαφορά.

Κάθε μερικές ημέρες κάνουμε optimize τις βάσεις (τις κάνει παράλληλα και να δουλεύουν πιο γρήγορα). Με το optimize ελευθερώνεται ο δεσμευμένος χώρος και έτσι το cretapanel και το phpmyadmin θα εμφανίζουν περίπου το ίδιο μέγεθος για τις βάσεις. Επίσης υπάρχει η δυνατότητα για optimize μιας βάσης και μέσω του phpmyadmin.